首先，需要明確的是，境外公司在境內(nèi)提供服務(wù)，根據(jù)中國稅法，可能需要繳納企業(yè)所得稅。以下是針對(duì)您的問題的詳細(xì)解答：

1. 企業(yè)所得稅的計(jì)算：
- 根據(jù)提供的信息，甲公司提供咨詢服務(wù)的收入總額為600萬元（含增值稅）。
- 采用“按收入總額核定應(yīng)納稅所得額”的方法，通常適用于一些難以準(zhǔn)確計(jì)算成本費(fèi)用的服務(wù)性行業(yè)。
- 核定利潤率為15%，這意味著甲公司的應(yīng)納稅所得額為600萬元 * 15% = 90萬元。

2. 增值稅處理：
- 由于甲公司運(yùn)用了一般計(jì)稅方法，且采購時(shí)未取得增值稅專用發(fā)票，因此無法進(jìn)行進(jìn)項(xiàng)稅額的抵扣。
- 在這種情況下，甲公司應(yīng)當(dāng)根據(jù)中國稅法的相關(guān)規(guī)定，按照規(guī)定的稅率計(jì)算并繳納增值稅。

3. 具體稅務(wù)處理時(shí)間點(diǎn)：
- 1月5日，簽訂服務(wù)合同，此時(shí)稅務(wù)責(zé)任產(chǎn)生。
- 1月12日，服務(wù)開始，甲公司應(yīng)當(dāng)開始核算其境內(nèi)收入和費(fèi)用。
- 9月1日，服務(wù)完工，此時(shí)應(yīng)進(jìn)行稅務(wù)結(jié)算。
- 9月3日，業(yè)務(wù)員離開中國，不影響稅務(wù)處理。
- 9月4日，乙公司付款，稅務(wù)結(jié)算應(yīng)當(dāng)在此之前完成。

4. 注意事項(xiàng)：
- 請(qǐng)確保甲公司在境內(nèi)提供服務(wù)的所有稅務(wù)申報(bào)和稅款繳納符合中國稅法的規(guī)定。
- 由于涉及境外公司，還可能需要考慮國際稅收協(xié)定的影響，以及是否涉及雙邊稅收減免。

5. SEO規(guī)則回復(fù)格式總結(jié)：
- Description模塊：簡述了回答的內(nèi)容和目的。
- Keywords模塊：提供了與問題相關(guān)的關(guān)鍵詞。
- 正文模塊：詳細(xì)解答了提問者的具體問題，并提供了必要的稅務(wù)處理流程和注意事項(xiàng)。

請(qǐng)注意，以上信息基于您提供的情況概述，實(shí)際操作中還需結(jié)合當(dāng)時(shí)的稅法規(guī)定及具體稅務(wù)顧問的意見。希望以上回答能夠幫助到您。如有其他問題，歡迎繼續(xù)咨詢。