首先，關(guān)于您提出的問題，境外公司來華提供商務(wù)咨詢并支付費(fèi)用20萬元，若合同約定增值稅由支付方承擔(dān)，這一費(fèi)用確實(shí)屬于公司的進(jìn)項(xiàng)稅。

1. **進(jìn)項(xiàng)稅確認(rèn)**：
根據(jù)中國增值稅法的規(guī)定，境內(nèi)企業(yè)支付給境外企業(yè)的服務(wù)費(fèi)用，如果該服務(wù)是在境內(nèi)使用的，且境外企業(yè)在中國境內(nèi)有常設(shè)機(jī)構(gòu)或者代理人的，境內(nèi)支付方可以對該筆費(fèi)用中包含的增值稅作為進(jìn)項(xiàng)稅額進(jìn)行抵扣。

2. **為何未扣減**：
但是，在計算應(yīng)納增值稅額時未扣減可能有以下幾個原因：
- **稅率不同**：商務(wù)咨詢服務(wù)的增值稅率與中國企業(yè)所銷售商品或服務(wù)的稅率不一致，導(dǎo)致不能直接抵扣。
- **抵扣條件限制**：若境外公司未在中國境內(nèi)注冊稅務(wù)信息，或未提供合法的增值稅發(fā)票，境內(nèi)企業(yè)可能無法進(jìn)行進(jìn)項(xiàng)稅的扣減。
- **政策規(guī)定**：根據(jù)某些特定時期的稅法規(guī)定，對于境外提供的部分服務(wù)可能存在進(jìn)項(xiàng)稅不能抵扣的情況。
- **合同錯誤處理**：合同中雖然約定增值稅由支付方承擔(dān)，但實(shí)際上處理過程中可能由于理解偏差或操作錯誤，未將該筆費(fèi)用作為進(jìn)項(xiàng)稅額進(jìn)行扣減。

3. **注意事項(xiàng)**：
在處理這類問題時，企業(yè)應(yīng)該仔細(xì)審查合同條款，確保按照當(dāng)前稅法規(guī)定正確處理增值稅。同時，應(yīng)當(dāng)保留完整的稅務(wù)憑證，如增值稅專用發(fā)票等，以便在稅務(wù)核查時提供依據(jù)。

總結(jié)，對于此類情況，建議公司財務(wù)部門在處理增值稅扣減時，應(yīng)與稅務(wù)顧問或稅務(wù)機(jī)關(guān)溝通確認(rèn)，確保稅務(wù)處理的合規(guī)性和準(zhǔn)確性。

希望以上回答能夠解決您的疑問，若還有其他問題，請隨時提問。我會耐心為您解答。