您好！針對(duì)您的問(wèn)題，根據(jù)我所了解的相關(guān)稅務(wù)法規(guī)和實(shí)踐，以下是我的解答：

1. 關(guān)于增值稅專(zhuān)用發(fā)票的開(kāi)具金額：
根據(jù)稅務(wù)規(guī)定，增值稅專(zhuān)用發(fā)票的開(kāi)具金額應(yīng)當(dāng)與實(shí)際交易金額相符。在您提供的情況中，合同總額為50萬(wàn)元，但實(shí)際上已經(jīng)收到的貨款是40萬(wàn)元，因此，您目前可以開(kāi)具40萬(wàn)元的增值稅專(zhuān)用發(fā)票。

2. 質(zhì)保金的處理：
質(zhì)保金通常是為了保證產(chǎn)品質(zhì)量而設(shè)立的一部分款項(xiàng)，在質(zhì)保期結(jié)束后，如果沒(méi)有質(zhì)量問(wèn)題，理應(yīng)返還給購(gòu)買(mǎi)方。關(guān)于10萬(wàn)元質(zhì)保金，您可以在質(zhì)保期滿(mǎn)后，根據(jù)實(shí)際情況處理：
- 如果質(zhì)保期內(nèi)沒(méi)有發(fā)生質(zhì)量問(wèn)題，或者質(zhì)保金無(wú)需全額扣除，那么剩余的質(zhì)保金在返還給購(gòu)買(mǎi)方時(shí)，不應(yīng)再開(kāi)發(fā)票。
- 如果質(zhì)保金被部分或全額扣除，那么扣除部分對(duì)應(yīng)的金額應(yīng)當(dāng)補(bǔ)開(kāi)增值稅專(zhuān)用發(fā)票。

3. 具體操作建議：
- 目前可以先為已收到的40萬(wàn)元貨款開(kāi)具增值稅專(zhuān)用發(fā)票。
- 對(duì)于10萬(wàn)元質(zhì)保金，應(yīng)在質(zhì)保期滿(mǎn)，并根據(jù)最終結(jié)果決定是否需要開(kāi)具發(fā)票。
- 請(qǐng)注意，所有發(fā)票的開(kāi)具都應(yīng)與實(shí)際發(fā)生的交易相匹配，確保稅務(wù)處理的合規(guī)性。

4. 需要注意的問(wèn)題：
- 若合同中明確指出質(zhì)保金在質(zhì)保期后無(wú)論是否發(fā)生質(zhì)量問(wèn)題都不予退還，則可能需要在合同執(zhí)行初期就開(kāi)具全額發(fā)票。
- 請(qǐng)咨詢(xún)專(zhuān)業(yè)稅務(wù)顧問(wèn)或稅務(wù)機(jī)關(guān)，以獲得針對(duì)您具體情況的準(zhǔn)確指導(dǎo)。

希望我的回答能夠?qū)δ兴鶐椭?，若還有其他問(wèn)題，請(qǐng)隨時(shí)提問(wèn)。祝您工作順利！