首先，對于企業(yè)的這種情況，賬務(wù)處理需要遵循稅法和會計準(zhǔn)則的相關(guān)規(guī)定。以下是企業(yè)應(yīng)當(dāng)采取的步驟：

1. **確認(rèn)原始預(yù)收款項的賬務(wù)處理：**
當(dāng)初政府部門預(yù)收企業(yè)的200萬元，企業(yè)如果已經(jīng)將該筆款項作為資產(chǎn)損失入賬，那么在稅匯算清繳時，稅務(wù)機(jī)關(guān)進(jìn)行了納稅調(diào)增，意味著企業(yè)當(dāng)時未能將該筆損失在稅前扣除。

- **原始入賬：**
借：其他應(yīng)收款——政府部門 200萬
貸：相關(guān)損失科目（如：資產(chǎn)損失） 200萬

2. **稅務(wù)調(diào)增的處理：**
在所得稅匯算清繳時，因為稅務(wù)機(jī)關(guān)調(diào)增，企業(yè)應(yīng)在稅申報表中體現(xiàn)這一調(diào)整。

3. **政府退回預(yù)收款項的賬務(wù)處理：**
現(xiàn)在，企業(yè)收到政府退回的200萬元，應(yīng)進(jìn)行以下賬務(wù)處理：

- **收到退款的賬務(wù)處理：**
借：銀行存款 200萬
貸：其他應(yīng)收款——政府部門 200萬

- **所得稅的納稅調(diào)減處理：**
由于當(dāng)初的預(yù)收款項已經(jīng)體現(xiàn)在了企業(yè)的損失中，現(xiàn)在退款回來，在所得稅上應(yīng)當(dāng)進(jìn)行調(diào)減處理。具體來說，在下一期的所得稅匯算清繳時，企業(yè)應(yīng)在稅申報表中將該筆退款作為收入調(diào)減，從而減少應(yīng)納稅所得額。

- **會計期間與稅務(wù)期間的調(diào)整：**
若退款發(fā)生在會計期間和稅務(wù)期間不一致的情況下，需要根據(jù)會計政策進(jìn)行遞延稅款的處理。

4. **稅務(wù)申報時的調(diào)減處理：**
在進(jìn)行下一次所得稅匯算清繳時，企業(yè)應(yīng)在稅申報表中體現(xiàn)該筆200萬元的退款收入，調(diào)減應(yīng)納稅所得額。

- **稅務(wù)申報調(diào)整：**
在匯算清繳時，將200萬元作為收入調(diào)減，以減少應(yīng)納稅所得額。

請注意，以上處理方式是基于一般情況下的建議，具體賬務(wù)處理還需要根據(jù)企業(yè)的實際操作、會計政策以及稅法規(guī)定進(jìn)行調(diào)整。建議在進(jìn)行賬務(wù)處理前，咨詢專業(yè)的稅務(wù)顧問或者會計師，以確保所有處理符合現(xiàn)行的法律法規(guī)和會計準(zhǔn)則。

企業(yè)在處理此類事務(wù)時，應(yīng)保持良好的記錄和文檔支持，以便在稅務(wù)機(jī)關(guān)的審計過程中提供有效的證據(jù)。希望這些信息能夠幫助企業(yè)解決問題。