參考答案

(1)甲企業(yè)與乙公司約定的該條款無效。根據(jù)《物權(quán)法》規(guī)定，抵押權(quán)人在債務(wù)履行期屆滿前，不得與抵押人約定債務(wù)人不履行到期債務(wù)時(shí)抵押財(cái)產(chǎn)歸債權(quán)人所有。如果雙方在合同中約定債務(wù)人不履行到期債務(wù)時(shí)，抵押財(cái)產(chǎn)歸債權(quán)人所有，則此條款無效。
(2)甲企業(yè)與乙公司之間設(shè)立了抵押權(quán)。根據(jù)《物權(quán)法》規(guī)定，當(dāng)事人以《物權(quán)法》規(guī)定的生產(chǎn)設(shè)備、原材料、半成品、產(chǎn)品，正在建造的船舶、航空器，交通運(yùn)輸工具設(shè)定抵押，抵押權(quán)自抵押合同生效時(shí)設(shè)立。未經(jīng)登記，不得對(duì)抗善意第三人。因此對(duì)這些財(cái)產(chǎn)是否進(jìn)行抵押登記，完全由當(dāng)事人決定。
(3)丁修理廠可以行使留置權(quán)。根據(jù)《物權(quán)法》規(guī)定，留置權(quán)的成立條件是：①債權(quán)人占有債務(wù)人的動(dòng)產(chǎn)。②債權(quán)人留置的動(dòng)產(chǎn)，應(yīng)當(dāng)與債權(quán)屬于同一法律關(guān)系，但企業(yè)之間留置的除外。③債權(quán)已屆清償期且債務(wù)人未按規(guī)定期限履行義務(wù)。本題中的情形符合留置權(quán)成立的條件，所以這是可以行使留置權(quán)的。