內(nèi)部審計組織機(jī)構(gòu)一共有五種設(shè)置模式。內(nèi)部審計組織機(jī)構(gòu)設(shè)置模式分別是董事會下設(shè)審計委員會，在行政系統(tǒng)——經(jīng)營管理系統(tǒng)設(shè)置審計機(jī)構(gòu)、設(shè)在董事會、設(shè)在監(jiān)事會、隸屬于總經(jīng)理、隸屬于財會部門這五種設(shè)置模式，其五種設(shè)置模式的特點和利弊如下：
①內(nèi)部審計組織機(jī)構(gòu)設(shè)置模式：在行政系統(tǒng)——經(jīng)營管理系統(tǒng)設(shè)置審計機(jī)構(gòu)。該機(jī)構(gòu)是內(nèi)部審計組織機(jī)構(gòu)中最高層次、地位和獨立性的內(nèi)部審計組織機(jī)構(gòu)設(shè)置模式，其有利于審計人員獨立開展工作。
②內(nèi)部審計組織機(jī)構(gòu)設(shè)置模式：設(shè)在董事會。設(shè)在董事會是內(nèi)部審計組織機(jī)構(gòu)中很高層次、地位和獨立的內(nèi)部審計組織機(jī)構(gòu)設(shè)置模式，地位僅次于在行政系統(tǒng)——經(jīng)營管理系統(tǒng)設(shè)置審計機(jī)構(gòu)。設(shè)在董事會的內(nèi)部審計機(jī)構(gòu)不足之處表現(xiàn)在董事會是集體討論制，凡事都通過董事會集體討論決定，正常的審計工作就很難進(jìn)行。
③內(nèi)部審計組織機(jī)構(gòu)設(shè)置模式：設(shè)在監(jiān)事會。設(shè)在監(jiān)事會是內(nèi)部審計組織機(jī)構(gòu)中較高層次、地位和獨立的內(nèi)部審計組織機(jī)構(gòu)設(shè)置模式。內(nèi)部審計機(jī)構(gòu)設(shè)在監(jiān)事會下，利弊表現(xiàn)在實際中往往會將二者的工作混為一談或顧此失彼從而削弱彼此應(yīng)有的作用。
④內(nèi)部審計組織機(jī)構(gòu)設(shè)置模式：隸屬于總經(jīng)理。隸屬于總經(jīng)理的內(nèi)部審計組織機(jī)構(gòu)中層次、地位和獨立稍差的內(nèi)部審計組織機(jī)構(gòu)設(shè)置模式。隸屬于總經(jīng)理的內(nèi)部審計組織機(jī)構(gòu)表現(xiàn)利弊主要是，其有利于對企業(yè)直接的生產(chǎn)經(jīng)營活動進(jìn)行審計，但不利于對企業(yè)高層次決策及經(jīng)濟(jì)行為進(jìn)行監(jiān)督，審計范圍相對窄小，審計工作受到一定限制。
⑤內(nèi)部審計組織機(jī)構(gòu)設(shè)置模式：隸屬于財會部門。隸屬于財會部門是內(nèi)部審計組織機(jī)構(gòu)中較差或者較低層次、地位和獨立的內(nèi)部審計組織機(jī)構(gòu)設(shè)置模式。隸屬于財會部門的內(nèi)部審計組織機(jī)構(gòu)只能開展部分日常性的審計工作，不能直接為經(jīng)營決策者服務(wù)，不能很好地實現(xiàn)審計的根本目的，這是隸屬于財會部門內(nèi)部審計組織機(jī)構(gòu)的利弊。