首先，對于高層公共建筑的防火分區(qū)劃分，需要遵循我國現(xiàn)行的《建筑設(shè)計(jì)防火規(guī)范》。根據(jù)規(guī)范，防火分區(qū)的劃分是為了有效控制火災(zāi)蔓延，確保人員安全疏散。

對于您的問題，如果每層建筑面積為1000平米，共六層，且每三層劃分一個防火分區(qū)，理論上是可以的。但具體是否可行，還需要考慮以下因素：

1. **自噴系統(tǒng)的設(shè)置：** 自噴系統(tǒng)（自動噴水滅火系統(tǒng)）的設(shè)置會影響防火分區(qū)的劃分。如果自噴系統(tǒng)覆蓋整個建筑物，那么可以根據(jù)規(guī)范，每個防火分區(qū)的最大允許建筑面積可以適當(dāng)增加。

2. **防火分區(qū)面積限制：** 根據(jù)《建筑設(shè)計(jì)防火規(guī)范》，高層公共建筑每個防火分區(qū)的最大允許建筑面積通常有限制。若每個防火分區(qū)的面積不超過規(guī)范限制，則可以按照您的提議進(jìn)行劃分。

3. **建筑物的使用性質(zhì)：** 不同的建筑物使用性質(zhì)，其防火分區(qū)的劃分要求可能不同。需要根據(jù)具體的使用性質(zhì)來確定防火分區(qū)的劃分。

以下是具體的回答：

根據(jù)以上分析，如果您的建筑物滿足以下條件，則可以三層劃分一個防火分區(qū)，共劃分為兩個防火分區(qū)：

- 每個防火分區(qū)的面積不超過規(guī)范中規(guī)定的最大面積限制；
- 自噴系統(tǒng)能夠有效覆蓋每個防火分區(qū)；
- 建筑物的使用性質(zhì)允許這種劃分方式。

建議您在具體實(shí)施前，咨詢專業(yè)的建筑師或消防工程師，對建筑物的防火分區(qū)進(jìn)行詳細(xì)設(shè)計(jì)和評估，確保符合國家防火規(guī)范的要求。

請您在進(jìn)行防火分區(qū)設(shè)計(jì)時，務(wù)必重視消防安全，嚴(yán)格按照相關(guān)法規(guī)和標(biāo)準(zhǔn)執(zhí)行，以確保人民群眾的生命財(cái)產(chǎn)安全。如有其他疑問，歡迎繼續(xù)咨詢。