一、稅務代理機構(gòu)，是指按規(guī)定條件經(jīng)批準設立的注冊稅務師執(zhí)業(yè)機構(gòu)——稅務師事務所。

二、稅務機關是注冊稅務師行業(yè)的主管機關，它對全國注冊稅務師行業(yè)行使的是行政管理權(quán)。

三、中國注冊稅務師協(xié)會是屬于全國性一級社團組織，它對行業(yè)實行的是自律性管理，而不具有行政管理權(quán)。

四、區(qū)別主要表現(xiàn)在以下三個方面：
一是從機構(gòu)的性質(zhì)上看：注冊稅務師行業(yè)的主管機關是稅務機關，其具體承擔的主管機構(gòu)是注冊稅務師管理中心。目前，只在國家稅務總局和省級稅務機關設立注冊稅務師管理中心。國家稅務總局注冊稅務師管理中心是國家稅務總局的內(nèi)設職能機構(gòu)，它對全國注冊稅務師行業(yè)行使的是行政管理權(quán)。中國注冊稅務師協(xié)會是屬于全國性一級社團組織，它對行業(yè)實行的是自律性管理，而不具有行政管理權(quán)。目前，只在國家和省設立注冊稅務師協(xié)會。

二是從二者的職能上看：國家稅務總局注冊稅務師管理中心的主要職責是：擬定全國稅務代理的法規(guī)、制度以及有關政策，并對執(zhí)行情況進行監(jiān)督檢查；對全國注冊稅務師的執(zhí)業(yè)資格進行認定、注冊、年檢和其它管理工作；組織編寫注冊稅務師執(zhí)業(yè)資格考試大綱、考試指定教材，組織命題并協(xié)助有關部門做好考務工作；審核、審批稅務代理機構(gòu)；查處重大稅務代理違章案件；做好稅務代理宣傳、組織國內(nèi)外有關稅務代理的聯(lián)絡、交流和合作活動等事項。中國注冊稅務師協(xié)會的主要職能是：對注冊稅務師行業(yè)實行自律性管理。團結(jié)、教育執(zhí)業(yè)注冊稅務師以經(jīng)濟建設為中心，促進社會主義市場經(jīng)濟的發(fā)展；保證稅收法律及規(guī)章制度的正確實施；監(jiān)督執(zhí)業(yè)和從業(yè)人員遵守職業(yè)道德，幫助委托人認真履行納稅義務；維護會員和被代理人的合法權(quán)益；加強會員的聯(lián)系與合作；協(xié)調(diào)執(zhí)業(yè)注冊稅務師與委托代理人之間的關系；政府、有關部門與稅務代理機構(gòu)及執(zhí)業(yè)人員發(fā)揮橋梁紐帶作用等。

三是從二者的作用上看：注冊稅務師管理中心從自己的職能出發(fā)，對注冊稅務師行業(yè)進行管理和監(jiān)督，負責審核、報批及審批稅務師事務所；對稅務師事務所及注冊事務師的執(zhí)業(yè)行為進行監(jiān)督檢查；按規(guī)定的職權(quán)處理違章行為等。注冊事務師協(xié)會對注冊事務師行業(yè)通過《注冊稅務師章程》進行自律性管理。承辦會員入會登記、實施行業(yè)指導；開展對執(zhí)業(yè)稅務師的教育和培訓；維護會員的合法權(quán)益等項事項。